うちわの設定メモです。
（text by kondo）
stack3.0をmoodleの環境が無くても動くように改造しています。moodle以外からも利用できるようにはなったのですが，いざmoodleとstackのインストールをせずに，改造したコードだけを，webサーバーにコピーしてみると，動作しませんでした。/var/www/moodledataフォルダーなどを，参照するように書かれている部分が残っていたようです。少しまた書き換えて，改造が一段落したので，オーサリングツールと採点用のサーバーの設定手順をメモしておきます。
OSはubuntuを利用します。virtualbox という仮想環境の中で利用しています。webサーバーはapache。ドキュメントルートは/var/www/htmlと仮定しています。
以下，手順です。
(1)ubuntu 12.04のインストール
(2) guest addition のインストール
virtual box 用のソフト ： virtualboxを利用しないならインストールする必要なし。
(3) root ユーザーのパスワード設定
sudo passwd root と打つ
(4) ipアドレスの設定
192.168.100.189など。これを変更しても，webアプリ等のソースは変更しなくても良さそうである。
(5) maxima，gnuplotのインストール
ubuntu ソフトウェアセンターから
(6) apache2のインストール。
sudo apt-get install apache2
/etc/apache2/sites-available/default の中を書き換えて，ドキュメントルートの変更
下記のように変更
DocumentRoot /var/www/html
<Directory />
Options FollowSymLinks
AllowOverride None
</Directory>
<Directory /var/www/html/>
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
AllowOverride None
Order allow,deny
allow from all
</Directory>
フォルダーの作成
mkdir /var/www/html
mkdir /var/www/html/temporary : ここにwww-data （apacheのこと）が書き込めるようにしておく。
mkdir /var/www/key ： 暗号化用
/var/www/html/index.html の用意
apache の起動など
sudo /etc/init.d/apache2 start
sudo /etc/init.d/apache2 restart
(7) phpのインストール
apt-get install php5 libapache2-mod-php5
(8) nkfのインストール
ubuntuソフトウェアセンターから
(9) pearのインストール（php-pear），php5-gmpのインストール
ubuntuソフトウェアセンターから
(10) pear install Crypt_RSA :
RSA暗号のためのパッケージ。
以下，コマンドなど
pear list
pear install Crypt_RSA
この後は，apacheの再起動が必要。
(12) Webコンテンツのコピー
author ： オーサリングツール（webアプリ）フォルダー丸ごとコピーでOK。読み取り可であれば良し。(現在は author2)
php_simple_question ： 採点用のスクリプト。読み取り可であれば良し。（現在は php_simple_question_recursion)
crossdomain.xml ： flashの通信許可ファイル。IEのために必要である。中に書かれているサーバーのURLは適当に書き換え。
上記はすべて，ドキュメントルート(/var/www/html/)にコピーする。
(13) 暗号化 key のコピー
/var/www/keyフォルダーの中に置く。apacheから見えない位置。この場所もオーサリングツールと採点スクリプトで仮定されている。
これで，今のところは動いている。
注意点
/var/www/html/php_simple_question/stackdata/stack/maximalocal.macを書き換えて，
フォルダー構成をあわせた。
maximalocal.mac にはipアドレスが記入されている。